A mohácsi vész után Szabolcs megyében elterjedt a reformáció. Az 1791. évi Canonica Visitatio megállapítása szerint a régi „elegáns” katolikus templomot – amely a mostani ref. templom helyén állt -, a protestánsok foglalták el. Ez igaz, mert 1597-ben már működött a református egyház.Rákóczi György erdélyi fejedelemsége idején a községünkben is birtokos Megyery család egyik tagja, Megyery Ferenc elmenekült az országból. A fejedelem halála után térhetett csak vissza, és II. Rákóczi György fejedelem feleségének Báthori Zsófiának titkára lett, birtokait visszakapta. Ismerve Báthori Zsófia vallási tevékenységét, Megyery Ferencnek is katolikusnak kellett lenni. A katolikus Megyeryeken kívül a családba beházasodott Bodó, Kárándy, Marusi Olasz, Kelemen stb. családok az 1722-ben Leveleken (ez egy település a megyében) a Minorita szerzetesrend által szervezett egyházban kötöttek házasságot, keresztelték gyermekeiket és anyakönyvezték halottaikat.1762-ben özvegy Kállay Istvánné Niczky Magdolna Napkoron a régi romos katolikus templom anyagát is felhasználva templomot építtetett. Attól kezdve Kemecse a napkori plébániához tartozott. Nagy József megyei jegyző leírása szerint anyósa, Marusi Olasz Gáborné Megyery Dorottya hamvait 1784-ben Gedeon nevű napkori plébános nagy pompával temette a Nagyhalászban lévő Jármy-kriptába édesanyja teteme mellé.
A Bodó család kúriájában 1785-től az „Úr szenvedése tiszteletére” felszentelt kápolnaként használt helyiségben tartották a szertartásokat. Szabolcsi monográfiák szerint 1806-tól a kótaji plébániához tartoztak a kemecsei római katolikus hívek és 1819-ben alakult meg az önálló parókia, leányegyháza Nagyhalász, Beszterec, Vasmegyer, Nyírtura volt. Ezzel szemben a helybeli róm. kat. egyház okmányai szerint Fekete Mihály 1810. okt. 30-tól szolgál Kemecsén és 1811-től vezette a Születési-, Házasságkötési- és Halotti Anyakönyveket. Ez pedig annak bizonysága, hogy 1810-től önálló parókiája van a falunak.A templomot 1821-24 között Czvenger József egri kőművesmester tervei alapján építették, és Szent István királyunk tiszteletére szentelték fel. Fischer István egri püspök terveztette és építését bőkezűen támogatta a faluban birtokos Marusi Olasz, Bodó, Kárándy és Lászlófalvi Eördög családok mellett.
